1468 fand die Grundsteinlegung unter Baumeister Jörg von Halspach statt. Die Errichtung des Dachstuhls konnte ab 1477 erfolgen .Für den mächtigen Dachstuhl benötigte der städtische Zimmermeister Heinrich von Straubing 147 Flöße, davon 49 Zimmer- und 43 Schnittholzflöße mit zusammen 630 Festmeter Rundholz. Das Holz kam aus den Wäldern des Isarwinkels oberhalb von Tölz auf Flößen die Isar herunter. Der Transport auf dem Wasser war eine schnelle und kostengünstige Möglichkeit. 1488 war der Kirchenbau vollendet. Die Turmhauben kamen erst 1525 dazu. Im Zweiten Weltkrieg erlitt die Frauenkirche schwerste Schäden. Ab 1947 begann der Wiederaufbau mit neuem Dachstuhl nach einer Konstruktion von Dr. Ing. Theodor Brannekämper.